Пилатес и йога имат различни дихателни методи. Пилатес е вдишване и издишване през носа и издишване през устата, докато йога е вдишване и издишване през носа. Повечето хора дишат през корема, могат да дишат през гърдите или дишат напълно.
И интензивността на упражненията на двете също е различна. Интензивността на упражненията при движенията на пилатес ще бъде по-голяма. Тъй като интензивността на упражненията на пилатес движенията е по-голяма, процесът на упражняване изисква повече физическа сила. Въпреки това, йога упражнява нашата гъвкавост повече, така че интензивността не е толкова голяма, но ако сте приятел, който току-що е започнал упражнения по йога, може да почувствате мускулна болка.
Различни са и ефектите, които се постигат от йога и пилатес. Йога основно променя физиологията и психологията на хората, за да постигне състояние на баланс. Пилатес има по-добър ефект върху формата на тялото и може да подобри формата на тялото на хората.